L'histoire de Varennes-Jarcy remonte au moyen âge. Varennes, enclavé dans une boucle de l'Yerres avait une existence propre. Son nom provenait de Vara (eau) puis Varinna à l'époque mérovingienne.
Gercy était un lieu inculte et solitaire (Garrica) jusqu'à ce que la comtesse de Toulouse (belle sœur de Saint Louis) tombe amoureuse de l'endroit lors d'une partie de chasse. En 1269, elle décide d'y fonder une abbaye dont l'importance sera confirmé par Philippe III le Hardy en 1272 : il la place sous la  protection de  Saint Barthélémy et Saint Marcellin en lui faisant don de reliques.
Elle dépendait de l'ordre de Saint Augustin et accueillait des jeunes filles pieuses de bonne famille.
En 1515, Claude de France (épouse de François 1^er) en raison de manquements aux règles, choisit un ordre plus contraignant: celui de Saint Benoit.
L'abbaye de Jarcy prend de plus en plus d'importance jusqu'au  XVII ème qui verra toute la région ravagée par les guerres de religion puis par la Fronde (1652). Varennes et Jarcy subiront de nombreux dégats. L'abbaye, plusieurs fois pillée, incendiée et deux fois gravement inondée sera partiellement reconstruite en 1777 selon les plans de l'architecte Boulland.
En 1789, la révolution précipite la fin de l' abbaye. L'abbesse est destituée, les nonnes sont chassées et le bâtiment laissé à l'abandon tombe en ruines. En 1791, le domaine est vendu aux enchères comme biens nationaux et morcelé.
Le premier recensement  de 1790 dénombre 212 habitants à Varennes.
A cette époque-là, le village vivait principalement de la vigne et de vergers. Mais peu à peu, le vignoble Briard s'avilit et finit par disparaitre avec le phylloxera au début du 20ème. La commune viticole devient alors un lieu de villégiature.
Le dernier recensement de 1999 indiquait 1927 habitants.

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